学名：Oryzias latipes（Oryziasは稲の学名Oryzaに由来し「稲のまわりにいる」の意） オリジアス・ラティペス

メダカは、北海道を除く日本・中国・朝鮮半島に広く棲息している日本で最小の淡水魚です。

生息域は淡水から汽水。
通常は水田・小川・川・池などにいますが、耐塩性にもすぐれていて、海水の入ってくる河口でも生きていかれます。
また生息水温も0℃〜40℃と幅広く、耐久性にもすぐれています。

メダカという名前は、単純に目が顔の高い所にあることに由来し、目高（メダカ）と呼ばれ始めました。

江戸付近から各地に広まったといわれています。
各地域ごとの地方名称が4,680語もあり、昔から人々に親しまれていたことがわかります。

18世紀に入ると「目高」が文献上に載り始めました。
この頃からメダカ観賞が始まっていったといわれています。
特にニホンメダカ（＝クロメダカ・日本に昔からいる野生のメダカ）の突然変異で出た緋色（オレンジ色）のメダカが定着し、「緋メダカ（ヒメダカ）」として一般庶民に親しまれました。
ニホンメダカは、1823年シーボルトによって西欧に初めて紹介されました。

昔から日本中どの地域でも見られたメダカですが、最近は自然環境の変化等、様々な要因によってその数が激減し、1998年環境庁により「絶滅危惧種第II類」に指定されました。