ザリガニの病気にはさまざまなものがありますが、水質・水温・酸素の量などの不適切な環境管理を原因とするものが大半です。
日ごろから水質・水温・適度な頻度の水換えを心がけることで病気を予防することができます。

・水温・ＰＨショック

症状：姿勢が維持できない、寝たり立ったりする、苦しがったりじたばた動くなど、不規則な動きをします。

原因：飼育水の水質変化・温度変化によってショックを起こすためです。
対策：水換えの際は、飼育水と換え水の水量の割合を把握し（換え水を１/２から１/４）、また夏季・冬季は特に水の温度差がなるべくないよう注意しましょう。

・焦点病（バーンスポット）

症状：スリ傷や欠損箇所などに細菌が入り込み、内部組織と癒着し脱皮ができなくなります。

原因：水中には様々な菌がいます。ザリガニはそれらの菌に免疫力がありますが、個体が弱った時に菌が入り込むと悪さをします。

対策：とにかく清潔な飼育環境を維持することが大切です。早期であれば、人間が手助けして脱皮をさせることで簡単に直せることができます。

・酸素欠乏による呼吸器不全

症状：水中の酸素が足りなくなると、エラを大気に触れさせ呼吸するため、ザリガニが水面に出ようとします。

原因 ：水中の酸素量が極端に少なくなるためです。

対策：充分なエアレーションをかけることです（ザリガニはエラで呼吸をする水生生物です）。

・藻の甲殻付着

症状：頭胸甲の一部に緑色の斑点（藻の塊）ができ、これが甲殻全体に広がって動きが鈍くなります。

原因：水槽が個体に対して小さい、水換えが足りずよどんでいる、エサのやり過ぎ、など水質管理が悪いことが原因です。

対策：水換えを頻繁に行い、エアレーションで酸欠を防ぎ、水質の劣化を防ぐことです。

・甲羅の不硬化

症状：甲羅が柔らかいままで硬くなりません。

原因：水中からのカルシウム分の補給が充分にできないためです。

対策 ：カルシウムが摂取できるようにバランスよくえさを与えましょう。

・ザリガニミミズの寄生

症状：白っぽい糸ミミズ（ヒルミミズ科の寄生虫）のような物が体に付着します。

原因：原因は今のところわかっていません。

対策：ピンセットで除去する方法、又は脱皮すれば除去できます。寄生虫が移るので脱皮殻はすみやかに取り除きましょう。